Ve Zlínském kraji jsou dvě rozsáhlá chráněná území – CHKO Beskydy a CHKO Bílé Karpaty. Obě území se vyznačují zachovanými lesními porosty – „přírodě blízkými“. Na Vsetínsku jsou vyhlášeny dvě ptačí oblasti – Beskydy a Horní Vsacko. Na Hodonínsku jsou vyhlášeny také dvě ptačí oblasti: Bzenecká doubrava – Strážnické pomoraví a Hovoransko – Čejkovicko.

Největší bezzásahové území v České republice je v lokalitě Velké Javořiny v Bílých Karpatech, jedná se o Národní přírodní rezervaci Javorina, kde se na základě dohody s Agenturou ochrany přírody ČR a Lesy České republiky ponechalo v režimu „bez zásahu“ 166 ha lesa (území lesní správy Luahčovice a Strážnice), dohoda byla podepsána v roce 2008.

Významné stromy LČR

• Seznam významných stromů Zlínského kraje

Tiskové zprávy

• Přírodu Chřibů zdobí díky Lesům ČR soustavy dvou zcela nových a jedné obnovené vodní nádrže (26.3.2014)
• Vodní nádrže Břucko září díky Lesům ČR novotou (17.3.2014)
• Díky Lesům ČR si valašská krajina i do budoucna zachová svůj tradiční ráz (4.4.2013)
• Lesy ČR obnovily v Chřibech na Zlínsku tři retenční vodní nádrže (11.9.2012)